Phylo: Juega y ayuda a la genómica comparativa

Phylo en parte es un juego similar al Bejeweled, que pide unir colores de manera vertical moviéndolos hacia los lados, pero sin reemplazar sus ubicaciones. Pero este juego no solo tiene el propósito de entretener, sino contribuir a la investigación de la genómica comparativa, que estudia las semejanzas y diferencias entre genomas de diferentes organismos. Tomando alineaciones reales, luego de ser ordenadas, son reintroducidas a la alineación global.

Generalmente los juegos son tan solo algo divertido. En ciertos casos también puede llegar a ser instructivo, pero no va mucho más allá de eso. Son extremadamente raros los casos donde además de ser divertido y/o educativo, puede también contribuir a algo. Ese es el caso de este inteligente y muy bien diseñado juego donde unes secuencias de ADN como si fuesen piezas de un puzzle, donde además de divertirte también contribuyes con esta joven rama científica.

La genómica comparativa estudia las semejanzas y diferencias entre genomas de diferentes organismos, con el objetivo de entender los procesos evolutivos que actúan sobre los genomas. Para hacer estas comparaciones, se hacen las conocidas, alineación de secuencias, donde se comparan secuencias de ADN, ARN y proteínas para identificar similitudes entre sí y de esa manera encontrar orígenes evolutivos o la fuente de ciertas enfermedades genéticas, entre muchas otras cosas. El problema con este campo de investigación es la magnitud del genoma, que consiste en cerca de tres mil millones de pares de base.

Los creadores de Phylo, Alex Kawrykow y Gary Roumanis, explican cómo quieren hacer su parte: “Los seres humanos han evolucionado para reconocer patrones y resolver problemas visuales de manera eficiente. Al abstraer la alineación de secuencias múltiples a patrones que consisten en formas de colores, hemos adaptado el problema para beneficiarse de las capacidades humanas. Tomando los datos que ya han sido alineados por algoritmos heurísticos, le permitimos al usuario optimizar donde el algoritmo puede haber fallado.”

Así que como ves, no solo se trata de un juego similar en cierto modo al Bejeweled, sino que también contribuye con una importante y costosa investigación. Tal como lo hace el juego, es muy importante que pruebes el tutorial antes de empezar, ya que no solo te explica cómo jugarlo en gran detalle, sino también por qué es importante en términos científicos. En términos simples, el objetivo del juego es alinear los cubos de colores verticalmente, moviéndolos hacia los lados, pero sin la posibilidad de reemplazar los lugares. Una vez que hayas terminado con una alineación puedes seguir con otras, agregando nuevas filas a las ya resueltas, o, sino, comparar tu puntaje con el de otros jugadores.

Y todas las alineaciones que ves son reales, provistas por el UCSC Genome Browser. Una vez que son alineadas correctamente por el jugador, es recibido, analizado y guardado en la base de datos donde eventualmente serán reintroducidos a la alineación global como una optimización. De modo que no solo estás jugando, sino también contribuyendo a los avances de la genómica comparativa.