Google DeepMind przedstawia 30 września 2026 r. SynthID Bio — zestaw dwóch koncepcyjnych metod znakowania białek projektowanych przez AI. Jedna umieszcza sygnał w sekwencji aminokwasów, druga w przewidywanej strukturze przestrzennej. Znak ma pomagać w ustaleniu pochodzenia projektu biologicznego.
Taki sygnał nie jest oceną bezpieczeństwa białka. Metody różnią się sposobem działania, a testy wykazały osobne ograniczenia każdej z nich.
SynthID Bio znakuje sekwencje i przewidywane struktury białek
SynthIDBio-sequence zmienia wybór aminokwasów podczas projektowania sekwencji z użyciem ProteinMPNN. Wykrywanie opiera się na tajnym kluczu i progu wyniku znaku. W praktyce sygnał jest częścią samej sekwencji, a nie etykietą doklejoną do cyfrowego pliku po jej utworzeniu.
SynthIDBio-structure działa na innym poziomie: dostraja moduły dyfuzji i oceny pewności modelu AlphaFold 3 oraz detektor, tak aby sygnał znalazł się we współrzędnych atomów przewidywanej struktury.
| Metoda | Znakowany obiekt | Podejście techniczne | Przetestowana podatność |
| SynthIDBio-sequence | Sekwencja białka | Znakowanie podczas próbkowania sekwencji przez ProteinMPNN; wykrywanie z użyciem tajnego klucza | W badanym scenariuszu ponowne projektowanie sekwencji przez ProteinMPNN skutecznie usunęło znak |
| SynthIDBio-structure | Przewidywana struktura białka | Dostrojenie modułów AlphaFold 3 i detektora; sygnał jest osadzany podczas przewidywania | Ograniczona relaksacja z użyciem OpenMM i Amber99sb zniszczyła znak w opisanym teście |
Co pokazały testy białek i jakie ujawniły ograniczenia
Testy laboratoryjne obejmowały białka wiążące (bindery) zaprojektowane dla trzech celów: VEGF-A, SC2RBD, czyli domeny wiążącej receptor białka kolca SARS-CoV-2, oraz PD-L1. Dla każdego celu badacze wykorzystali 15 wcześniej zaprojektowanych i zwalidowanych szkieletów białkowych.
W pomiarach powinowactwa metodą rezonansu plazmonów powierzchniowych (SPR) nie stwierdzono istotnej różnicy między znakowanymi i nieznakowanymi binderami w rozkładzie wyników dla badanej populacji. Przy progu KD ≤ 10⁻⁶ nieznakowane bindery miały jednak wyższy odsetek trafień niż grupa oznaczona jako niedystorsyjna, z temperaturą 0,5. Wynik dotyczy tych celów i badanych szkieletów.
Dla trzech modeli znakowania struktury w zbiorze ewaluacyjnym AlphaFold 3 odsetek wyników prawdziwie dodatnich (TPR) przekroczył 99,8% przy odsetku wyników fałszywie dodatnich (FPR) wynoszącym 0,1%. Dla modelu z parametrem szumu s = 0,001 Å TPR wyniósł 98,99% przy FPR 0,01%. To wyniki z konkretnego zbioru ewaluacyjnego.
Próby odporności pokazały różnicę między metodami. Znak strukturalny zachował się po sztywnych przekształceniach, a szum współrzędnych o odchyleniu standardowym 0,01 Å spowodował nieznaczny spadek TPR. Z kolei ograniczona relaksacja z użyciem OpenMM i pola siłowego Amber99sb zniszczyła ten znak. W przypadku sekwencji przetestowane ponowne projektowanie z ProteinMPNN skutecznie usunęło sygnał.
Możliwe zastosowania i odrębne prace nad Evo 2
Google DeepMind wskazuje screening syntezy DNA i oznaczanie pochodzenia wpisów w bazach biologicznych jako możliwe zastosowania SynthID Bio. Do ich rozwinięcia potrzebne są dalsze badania, koordynacja i standaryzacja. Znak informuje o pochodzeniu projektu; sam w sobie nie ocenia, czy białko jest bezpieczne.
Osobny nurt trwających prac obejmuje znakowanie genomu bakteriofaga zaprojektowanego przez Evo 2. Google DeepMind informuje, że wczesne testy znakowanych fagów w hodowlach bakteryjnych wykazały ich funkcjonalność. Współpracę prowadzą Google DeepMind, Stanford University i Arc Institute.
