Les autorités françaises ont signalé le premier cas humain documenté de virus Shamonda chez une personne gravement immunodéprimée soignée à Lyon. Le patient est décédé début octobre 2026. Le diagnostic a identifié la lignée SHAV-EU1; l’exposition à un moucheron Culicoides reste une hypothèse, et Santé publique France n’avait identifié aucune transmission entre personnes au 23 octobre.
Ce que les autorités ont rapporté
Le ministère français de l’Agriculture a annoncé le cas le 22 octobre 2026. Le patient, pris en charge par les Hospices Civils de Lyon, souffrait d’une grave immunodépression et a développé une encéphalite, une inflammation du cerveau, avant de mourir au début du mois. Le rapport scientifique décrit une maladie hématologique et une greffe de cellules souches allogénique environ un mois avant le début de l’encéphalite.
Le ministère estimait que les complications cérébrales étaient très probablement liées à l’infection. Le virologue Ben Brennan a indiqué que la contribution du virus au décès n’était pas établie.
Comment SHAV-EU1 a été identifié
Les symptômes neurologiques ont conduit à des examens microbiologiques et génomiques. Le rapport scientifique identifie la lignée Shamonda virus Europe 1, ou SHAV-EU1 : une analyse métatranscriptomique a détecté le virus dans le liquide céphalorachidien, puis une RT-PCR a confirmé le résultat.
Le rapport signale aussi du génome viral dans des prélèvements de sérum, des prélèvements respiratoires et des selles au moins deux mois avant le début de l’encéphalite. Ces détections précèdent les symptômes neurologiques rapportés, sans préciser à elles seules le moment de l’infection.
L’exposition suspectée et la transmission entre personnes
Santé publique France considère la piqûre d’un Culicoides infecté dans l’est de la France comme l’hypothèse principale. L’enquête portait également sur l’environnement du patient, ses déplacements récents et d’éventuels contacts avec des animaux ou des insectes.
Dans sa mise à jour du 23 octobre 2026, Santé publique France indiquait qu’aucune transmission entre personnes n’avait été identifiée. Les autorités n’avaient pas non plus identifié de risque pour la population générale au vu des connaissances disponibles à cette date.
Ce que compte la surveillance bovine
Au 20 octobre 2026, Santé publique France avait signalé des détections de Shamonda chez des bovins dans 52 départements de France métropolitaine. Ce chiffre concerne la surveillance animale. Shamonda est un Orthobunyavirus du sérogroupe Simbu, connu auparavant pour ses infections animales, principalement associées aux moucherons piqueurs du genre Culicoides.
